In Gelderland is de bescherming van de molenbiotoop opgenomen in de provinciale verordening.  Dit wil zeggen dat vanuit de provincie wordt opgelegd aan gemeenten om via de bestemmingsplannen de molenbiotoop te beschermen. Onder het begrip molenbiotoop wordt meer verstaan dan alleen windvang. Het zijn alle omgevingsaspecten die van invloed zijn op het functioneren van een molen. Hieronder vallen niet alleen factoren die van directe invloed zijn voor de molen als maalwerktuig, zoals de bereikbaarheid voor graan- en meeltransport, de windvang en het vrije zicht op de lucht om weersveranderingen aan te zien komen. Ook het functioneren van de molen als cultureel erfgoed, zoals de gaafheid van de historische setting, de toegankelijkheid voor bezoekers en de landschappelijke waarde maken hier onderdeel van uit.
Er is echter geen beschrijving vanuit de provincie hoe gemeenten dit moeten doen. Hier hebben zij dus een bepaalde vrijheid in hoe zij de biotoopbescherming vormgeven.

Als er een bouwplan rond de molen komt waar het bestemmingsplan bij aangepast moet worden dient de gemeente dit plan ter inzage aan te bieden. Als de molenbiotoop hierin niet goed beschermd wordt kun je een zienswijze hierop indienen. De gemeente zal dan moeten beoordelen of het plan moet worden aangepast, of geheel moet worden herzien of afgewezen.

Tegen dit besluit kun je in beroep gaan. Het is dus van groot belang om op tijd op de hoogte te zijn van eventuele bouwplannen in de omgeving van de molen. Dit kan door bijvoorbeeld de e-mailservice van berichten over uw buurt. Hier kun je jezelf aanmelden om via de mail op de hoogte te worden gehouden van eventuele bouwplannen.
Het nieuwe bestemmingsplan wordt ook door de provincie beoordeeld. Zij kan de gemeente er echter niet van weerhouden om het plan in procedure te brengen. Maar als de molenbiotoop niet goed is opgenomen kan ook zij een zienswijze indienen.
Het kan echter voorkomen dat er besloten wordt door de provincie om ontheffing van de verordening te verlenen. Dit moet dan door de provinciale staten goedgekeurd worden onder het mom van ‘zwaarder wegend maatschappelijk belang’. Bijvoorbeeld in het geval van woningbouw. 

Als er een woonwijk bij de molen gebouw wordt is het van belang om te kijken of er een kettingbeding opgenomen kan worden op de grond. Dit houdt in dat er grenzen gesteld kunnen worden aan bijvoorbeeld groen in particuliere tuinen in het koopcontract. Dit geldt dan ook voor 2^e 3^e en volgende bewoners. Het kettingbeding dient wel al op de grond te zijn opgenomen bij verkoop van de gemeente aan de ontwikkelaar. Ook hier geldt dus wees op tijd op de hoogte van wat er speelt rondom de molen.

Als er binnen de biotoop bomen geplant zijn in strijd met de omschrijving van het bestemmingsplan of er wordt niet gehandhaafd op snoeien terwijl dit wel zou moeten, kun je als eigenaar een handhavingsverzoek indienen. Dit houdt in dat de gemeente moet handhaven op de restricties zoals gesteld in de molenbiotoop. De gemeente dient dit verzoek te behandelen en te motiveren. Ook hier kun je tegen in beroep gaan.

Lastig is het als een gemeente eigenaar is van de molen en tevens verantwoordelijk voor doelen op het gebied van woningbouw. Dan heeft de eigenaar van de molen te maken met tegenstrijdige belangen. Als molenaar(steam) kun je dan wel bezwaar maken maar is het niet vanzelfsprekend dat je ontvankelijk wordt verklaard in je bezwaar. Door een goed molenaarscontract met de gemeente kan dit ondervangen worden.  

Het is altijd raadzaam om korte lijntjes te hebben met de gemeente als het gaat om de biotoop. Weet wie je aanspreekpunt is en probeer samen met de gemeente tot afspraken te komen. Dit kan bijvoorbeeld middels een convenant.
Mocht je bij de gemeente overeen kunnen komen dat bestaande beplanting vervangen wordt kun je bij de gemeente voorbeelden aandragen van bomen die wel passend zijn binnen de biotoop.